Le 14 avril 1967, l'assemblée Nationale de la Province de Québec sanctionnait la Loi 41, instituant la Commission scolaire de la Côte-Nord du Golfe St-Laurent. Cette commission scolaire «pas comme les autres», dirigée par un administrateur, devenait responsable de quinze (15) localités, s'échelonnant de Kégaska à Blanc Sablon, soit un territoire de 400 kilomètres de long non-relié par le réseau routier provincial québécois. La Loi 41 créait donc la première commission scolaire «unifiée» de la province de Québec, desservant une population française, anglaise et amérindienne de foi catholique et protestante et dispensant des cours de la maternelle jusqu'au secondaire inclusivement.
Par arrêté en conseil, le 18 juin 1975, le nom de la Commission scolaire de la Côte-Nord du Golfe St-Laurent était changé pour celui de la Commission scolaire du Littoral.
Par la Loi 48 sanctionnée le 18 juin 1976, le territoire de l'Île d'Anticosti était annexé à la Commission scolaire du Littoral.
Par suite d'ententes inter-gouvernementales, les Amérindiens acquièrent leur autonomie scolaire sur la réserve de Rivière-Saint-Augustin le 1er juillet 1990, et sur la réserve de La Romaine le 1er juillet 1991. Toutefois, la Commission scolaire maintient ses services dans les deux localités concernées afin de desservir la population non-amérindienne.
La Commission scolaire détient un statut particulier dans le sens qu'elle est administrée par un administrateur (qui est nommé par le Lieutenant gouverneur en conseil) qui remplace les commissaires d'écoles et le directeur général. Il exerce ses pouvoirs au moyen d'ordonnances dont copie est automatiquement transmise au Ministère qui prend la décision de l'entériner, ou de la désavouer en totalité ou en partie.
De plus, la Commission scolaire du Littoral se caractérise par le fait qu'elle n'est pas classée comme une commission scolaire linguistique.